原作西尾維新、作画岩崎優次で送る、週刊少年ジャンプ連載作品。

第三次世界大戦の勃発する世界において、十五の少女達に、銃後の暗号解読をさせるべく創設された暗号学園の第一期生として入学する事となったいろは坂いろは少年。

暗号のあの字も知らなかったいろは坂は戦争屋こと【アカウント凍結(洞ヶ峠凍)】から渡されたメガネ型暗号解読装置【企業秘密(眼鏡兵器)】の力で即席の暗号兵となる。
その力と、暗号学園の【不正なアクセスを検出(地下、メタバース)】に眠る【思想検閲(暗号資産)】【国家機密(モルグ)】があれば、世界で起きている戦争を停めることが出来るかも知れないと知り、戦略を持つ他生徒達を暗号解読で蹴散らし、学級のトップ、学年兵長になり、兵長講和会議──と言う名目の暗殺試合(あんころしあい)をへて学年大将となり──

全寮制であり、基本的に学園の外へ出る事は不可能。
また、南京錠の形を模した校舎の周囲は森に囲まれ、外側へ行くにつれて獰猛な野性動物達が徘徊している為、校舎の外へ出る事も制限付きである。
また、遺伝子組み換え食材等を育て食していたり、有事の際の自給自足にも事欠かないらしい。

男子生徒はクラスに平均1人で、男子寮は一部屋のみ。女子は基本二人部屋。
ひとクラス辺り19名で、
無差別解読クラスのA組
情報撹乱クラスのB組
精神感応クラスのC組
潜入捜査クラスのE組
遺言解読クラスのD組
特命クラスのF組
以上の6クラス……プラス、メタバースクラスのM組がある。